Od początku istnienia Inicjatywy Trójmorza mierzono się z pytaniami, czy nie jest to jakiś rozłam w ramach Unii Europejskiej, sabotaż, dążenie do skłócenia z państwami położonymi w innych regionach. Czas pokazał, że to projekt komplementarny względem UE, a nie zmierzający do jej osłabienia.